Nonostante negli anni Novanta vanti di ottimi campionati tra serie D e serie C, dagli anni Duemila i risultati sono stati parecchio carenti. Dal 2000 al 2008 il Ponte San Pietro ha militato esclusivamente nei gironi dell’Eccellenza Lombardia, piazzandosi sempre a metà classifica. Al termine della stagione 2008-2009 la squadra ritorna in Serie D, conquistata dopo un campionato culminato con lo spareggio contro il Seregno. Durante l’estate del 2019 la società modifica la propria denominazione in Associazione Calcistica Ponte San Pietro, riportando così lo storico nome del Ponte San Pietro nel calcio dilettantistico italiano: la matricola di affiliazione alla Figc rimane quella storica del 1910.